Кафедра информатики, будучи образованной выделением из кафедры информационных технологий, разделяет её богатую историю, начавшуюся с создания в 1983 г. кафедры прикладной математики, которая тогда вела все дисциплины, связанные с обработкой информации на ЭВМ. В 1999 г. она получила название кафедры прикладной математики и информатики и являлась общеобразовательной. Заведовал кафедрой ПМИ выдающийся учёный, д. ф.-м. н. профессор Борис Георгиевич Вагер. У него учились многие нынешние сотрудники кафедры информатики и кафедры информационных систем и технологий.
Кафедра ПМИ преподавала дисциплины, связанные с численными методами и математическим моделированием в задачах экологии и строительства (Б. Г. Вагер, В. В. Карпов), компьютерной графикой (Т. Г. Капитонова, М. А. Милютина, Л. Д. Пекарев, М. Ф. Яковлева), информатикой (О. В. Букунова, Л. Ф. Васенина, Е. Б. Любимов, Л. К. Нарбут, С. Н. Никифоров, В. В. Шацков, М. В. Шацкова), методами оптимизации (А. Ю. Гарнаев, В. А. Фролькис).
С 2000 г. усилиями Бориса Георгиевича Вагера кафедра стала выпускающей, и был осуществлен первый набор на специальность «Прикладная математика». Специальность «Прикладная математика» просуществовала много лет, а с 2011 г. кафедра стала набирать студентов на направления подготовки бакалавриата и магистратуры «Прикладная математика» и «Прикладная математика и информатика». В 2020 г. на кафедре появилось направление подготовки «Информационные системы и технологии».
В период стремительного развития информационных технологий и особенно расширения сфер их применения обучение студентов навыкам эффективного использования цифровых технологий стало одной из приоритетных задач кафедры. Поскольку владение методами и средствами математического (компьютерного) моделирования, в том числе с использованием универсальных и специализированных программно-вычислительных комплексов и систем автоматизированного проектирования, является необходимой частью современной профессиональной подготовки будущих специалистов строительной отрасли.
Подготовка специалистов в сфере информационного моделирования в строительстве, во исполнение Поручения Президента Российской Федерации от 19.07.2018 Пр-1235, выводит на первый план дисциплины, связанные с применением технологий информационного моделирования.
Всё это впоследствии привело к принятию решения о выделении общеобразовательной кафедры – кафедры информатики.