Родился 26 мая (7 июня) 1801 г. в родовом имении в селе Вельжичи Мглинского уезда Черниговской губернии в семье коллежского асессора.
Поступил в Московский университетский благородный пансион (1813–1817), по окончании определился на военную службу, которую начал юнкером 49-го Егерского полка (1818), затем был прапорщиком (1820), подпоручиком (1924) Житомирского пехотного полка, подпоручиком (1826), затем поручиком (1829) Лейб-гвардии Литовского полка.
В 1829 г. назначен начальником Варшавского отделения школы военных кантонистов (музыкантов). Во время Польского восстания 1830–1831 гг. 10 месяцев находился под арестом у мятежников. Заслуги его были отмечены: 15 марта 1832 г. А. Ф. Лишин получил чин штабс-капитана за отличие и крест Св. Владимира IV степени.
В 1832 г. прикомандирован к Школе гвардейских подпрапорщиков и кавалерийских юнкеров в Петербурге; ротный командир школы (1833), в которой в это время учился М. Ю. Лермонтов. Поэт так шутил над своим командиром:
Вот выходит из дежурной,
Весь в заплатах на штанах,
Словно мраморную урну,
Держит кивер он в руках.
Произведён в чин капитана (1835), затем полковника (1841) с назначением на должность командира роты гвардейских прапорщиков. В 1851 г. получил чин генерал-майора, в 1866-м – генерал-лейтенанта. Отдал военной службе более полувека.
19 ноября 1849 г. А. Ф. Лишин был назначен директором Строительного училища Главного управления путей сообщения и публичных зданий. 23 года директорства в Строительном училище потребовали от генерала Лишина большого труда и стараний. Об этом свидетельствует его наградной список: знак ордена Св. Георгия (1831); ордена́ Св. Владимира IV степени (1832), Св. Анны III степени (1838), Св. Станислава II степени (1840), Св. Анны II степени (1847), Св. Анны II степени с Императорской короной (1849), Св. Владимира III степени (1851), Св. Станислава I степени (1854), Св. Анны I степени и бронзовая медаль в память войны 1853–1856 гг. на Андреевской ленте (1856), Св. Анны I степени с Императорской короной (1859), Св. Владимира II степени (1870), знаки отличия за 15, 20, 25, 30, 40 и 50 лет беспорочной службы.
В семье А. Ф. Лишина родились 9 детей, и у всех крёстным отцом был император Николай I.
Скончался Андрей Фёдорович Лишин 6 (18) сентября 1898 г. в возрасте 97 лет. Похоронен в своём имении Нивное (ныне село Нивное Суражского района Брянской обл.) в семейном склепе церкви Рождества Пресвятой Богородицы (архитектор – выпускник СУ, гражданский инженер А. О. Бернардацци). В 1918 г. могилу разграбили, ныне произведено перезахоронение в часовне, построенной в 2006 г.