Родился 24 сентября (6 октября) 1899 г. в селе Кадино Смоленской губернии в крестьянской семье.
Трудовую жизнь начал рано: с одиннадцати лет работал учеником в столярной мастерской в г. Мстиславле, Белоруссия. Учился в начальном училище Мстиславля (1913–1916), в Политехническом училище г. Николаева (1916–1918). Служил в Красной Армии (1919–1920). В 1921 г. поступил в Институт гражданских инженеров, где учился по специальности инженера-строителя с перерывами на службу в армии и работу. В 1928 г. окончил ЛИГИ, в 1931-м – аспирантуру ЛИИКС. Будучи аспирантом, начал преподавательскую деятельность.
В 1931–1935 гг. – директор НИИ водоснабжения, канализации и инженерной геологии.
С 1935 г. занимал ответственные должности в Ленсовете: начальник управления благоустройства (1935–1936), замначальника архитектурно-планировочного отдела (1936–1939), председатель архитектурно-строительного экспертного совета (1939–1942).
В годы Великой Отечественной войны участвовал в строительстве оборонительных сооружений вокруг Ленинграда, руководил работой по ликвидации разрушений водопровода и канализации. В блокаду, в самое тяжёлое для города время получил ответственное назначение – должность главного инженера Управления водопроводно-канализационного хозяйства Ленгорисполкома («Ленводоканала»). Проработал на этом посту почти 10 лет (1942–1951).
Профессор С. М. Шифрин преподавал в ЛИСИ, в течение 35 лет заведовал здесь кафедрой канализации (1945–1980).
Создал научную школу по направлению «Очистка городских и промышленных сточных вод».
Под руководством С. М. Шифрина кафедра канализации участвовала в разработке первых комплексных норм и технических условий для проектирования канализации населённых мест, которые были утверждены Госстроем СССР (1954–1956).
В 1964 г. под научным руководством С. М. Шифрина при кафедре канализации ЛИСИ была создана отраслевая научно-исследовательская лаборатория по очистке промышленных сточных вод Министерства по производству минеральных удобрений СССР.
Автор 240 печатных работ, в том числе учебников и учебных пособий, ряда изобретений, подготовил свыше 50 кандидатов наук.
Был удостоен государственных наград: награждён медалями «За трудовую доблесть» (1942), «За оборону Ленинграда» (1943) и орденом Трудового Красного Знамени (1944).