Родился 18 января 1928 г. в г. Бабаево Вологодской области. В 1933 г. переехал с родителями в Ленинград, в 1941-м был эвакуирован из блокадного города в Омск. После окончания средней школы поступил на архитектурный факультет Ленинградского инженерно-строительного института (1945). Выпускник ЛИСИ 1950 г., мастерская профессора А. А. Оля. Работал во Всесоюзном проектном и научно-исследовательском институте комплексной энергетической технологии (ВНИПИЭТ) в творческой мастерской главного архитектора И.Б. Орлова (1950–1970). Участвовал в проектировании многих строительных объектов Ленинграда и других городов.
За проект Новосибирского академгородка Ю. С. Ушакову в составе авторского коллектива была присуждена Государственная премия РСФСР в области архитектуры (1967).
Преподавал в Ленинградском инженерно-строительном институте: доцент кафедры проектирования (1970–1972), заведующий кафедрой истории и теории архитектуры (1972–1996).
Автор 35 научных трудов, в том числе монографии «Ансамбль в народном зодчестве Русского Севера» (1982) и четырёх монографий в соавторстве. Материалы исследований вошли в учебник «История русской архитектуры».
Руководил Комиссией истории архитектуры и охраны памятников Ленинградского отделения Союза архитекторов. Выступил организатором и участником трёх десятков экспедиций по изучению и обследованию памятников деревянного зодчества Русского Севера и древнерусского монументального зодчества.
Результатом научных поездок стали графические реконструкции исследованных сёл и соединяющих их коммуникаций. Учёного интересовал градостроительный ансамбль в широком смысле: не отдельные поселения, а среда обитания в целом. От изучения структуры отдельных деревень он подошёл к пониманию принципов формирования градостроительных ансамблей, включающих несколько поселений. Использовал исторические источники, архивные документы, проводил опросы старожилов изучаемых областей, вёл археологические раскопки.
Графические и живописные полотна-панорамы Ю. С. Ушакова показывают неразрывную связь архитектурных сооружений и природы.
Изучал и обследовал памятники деревянного древнерусского зодчества. Изображал в своих работах то, что во многом было утрачено. Его живопись имеет не только художественное, но и большое научное значение.
Занимался иллюстрированием своих книг и учебников. Созданные в ходе экспедиций 1950–1970-х гг. зарисовки пером, акварелью и гуашью выставлялись на персональных выставках в Государственном музее архитектуры имени А. В. Щусева в Москве (2006) и в музее «Кижи» (Петрозаводск, 2005).
Ю. С. Ушаков оставил после себя большое собрание научных трудов, публикаций, фотографий и живописных полотен. Ушёл из жизни в 68 лет.